Jacek Magiera urodził się 1 stycznia 1977 roku w Częstochowa. Swoją piłkarską karierę rozpoczynał w Raków Częstochowa, gdzie 18 marca 1995 roku – w meczu ze Stal Mielec – zadebiutował w najwyższej klasie rozgrywkowej.
W latach 1997–2005 reprezentował barwy Legia Warszawa, dla której rozegrał 176 spotkań i zdobył 16 bramek. W trakcie gry dla „Wojskowych” był wypożyczany do Widzew Łódź oraz ponownie do Rakowa Częstochowa. Karierę piłkarską zakończył po epizodzie w Cracovia.
W latach 2006–2013 pracował jako asystent trenerów w Legii Warszawa. W 2016 roku zadebiutował jako pierwszy trener Zagłębie Sosnowiec, jednak po roku wrócił do stołecznego klubu, gdzie prowadził Legię m.in. w pięciu meczach Liga Mistrzów UEFA. W tych rozgrywkach jego zespół zdobył 4 punkty – remisując z Real Madryt przy Łazienkowskiej oraz pokonując Sporting CP.
W 2018 roku został selekcjonerem reprezentacji Polski U-20, z którą rok później dotarł do 1/8 finału Mistrzostwa Świata FIFA U-20 2019.
W sezonach 2021/2022 oraz 2022/2023 dwukrotnie prowadził Śląsk Wrocław. Podczas drugiej kadencji sięgnął po wicemistrzostwo Polski w sezonie 2023/2024. W listopadzie 2024 roku został zwolniony z klubu.
17 lipca 2025 roku został drugim trenerem reprezentacji Polski w sztabie Jan Urban. W tej roli współprowadził kadrę w 8 spotkaniach (5 zwycięstw, 2 remisy, 1 porażka).
10 kwietnia 2026 roku podczas biegania doznał nagłego zatrzymania krążenia. Pomimo podjętej reanimacji jego życia nie udało się uratować.
